מכתש נגורונגורו תומך בכ-25,000 בעלי חיים גדולים. מבקרים רואים לעתים קרובות אריות, פילים, תאו, זברות, גנואים וצבועים. המכתש הוא גם אחד המקומות הטובים ביותר בטנזניה לצפות בקרנף השחור הנמצא בסכנת הכחדה. היפופוטמים מתאספים בבריכות קבועות, ופלמינגו מופיעים לעתים קרובות לאורך אגם הסודה.